Les unités qui compose la BA 123 sont les suivantes :
- La 61 escadre de transport
- Escadron de transport 1/61 Touraine sur A400M
- Centre de soutien et d’administration des systèmes de mission 06.061
- Centre d’instruction des équipages de transport 00.340
- Escadron de soutien technique aéronautique 15.061 “Loiret”
- La 62 escadre de transport
- Escadron de transport 2/61 Franche-Comté sur C-130H et C-130J30
- Escadron de transport 3/61 Poitou sur Transall, C-130H30 et Twin Otter
- Escadron de soutien technique aéronautique 15.062, C-130H, C-130H30 et C-130J30
- Les autres unités
- Centre d'Instruction des Équipages de Transport 1/340
- Commando parachutiste de l'air n° 10
- Commando parachutiste de l'air n° 30
- C.A.S.V. 51.566 Le Centre Air de Saut en Vol
- EM-ATT équipe de marque avions de transport tactique 01.338
- EAR 279 (unités de l'ex-base aérienne 279 Châteaudun)
- Groupement de Maintien en Condition Opérationnelle (GMCO) des Forces Aériennes de la Gendarmerie Nationale